Bali sziget�t m�r a prehisztorikus id�kt�l kezdve lakt�k. Els� lak�i az �zsia fel�l az indon�z szigetvil�g fel� v�ndorl� t�rzsek lesz�rmazottai voltak, akik mai ismereteink szerint i. e. 30. sz�zad k�r�l telepedtek le a szigeten. Ebb�l az id�b�l sz�rmaz� k�eszk�z�ket tal�ltak Cekik telep�l�s k�zel�ben, a sziget nyugati r�sz�n.

A prehisztorikus id�k v�g�t az India fel�l �rkez� hinduk �rkez�se jelentette, mely a cser�ped�ny-darabokon tal�lt Brahmi feliratok szerint i. e. 100 k�r�l t�rt�nt. Tal�ltak tov�bb� 9. sz�zadb�l sz�rmaz� feliratokat, melyeken a Balidwipa (Bali szigete) kifejez�s volt tal�lhat�. Ebben az id�ben fejlesztett�k ki a rizs �nt�z�s�re szolg�l� bonyolult �nt�z�rendszereket (�n. subak). Sz�mos ma is l�tez� vall�si �s kultur�lis hagyom�ny visszavezethet� erre az id�re. A kelet-j�vai Majapahit Birodalom (1293–1520) Bali sziget�n kol�ni�t alap�tott 1343-ban. A birodalom hanyatl�s�val a 15. sz�zadban J�v�r�l t�megesen v�ndoroltak �t a birodalom szellemi vezet�i, m�v�szek, papok �s zen�szek Bali sziget�re.

Az els� eur�pai, aki Balival kapcsolatba l�pett, a holland Cornelis de Houtman lehetett 1597-ben, b�r egy portug�l haj� m�r 1585-ben z�tonyra futott Bukit partjain�l. Ezut�n �rkezett el a holland uralom ideje, b�r a hollandok sosem voltak k�pesek olyan stabil hatalmat ki�p�teni maguknak, mint ahogy azt tett�k Indon�zia egy�b r�szein, p�ld�ul J�v�n vagy Malukun. Az 1840-es �vekben el�sz�r a sziget �szaki r�sz�n vetett�k meg l�bukat az�ltal, hogy az egym�ssal szemben bizalmatlan bali csoportokat egym�s ellen kij�tszott�k. A hollandok hatalmas v�zi �s sz�razf�ldi t�mad�st int�ztek a Sanur r�gi� majd Denpasar ellen. A bali �slak�khoz k�pest a hollandok mind a l�tsz�mot, mind a felszerel�st tekintve t�ler�ben voltak. A bali csapatok a megad�s sz�gyene helyett egy v�gs� �ngyilkos t�mad�s (puputan) ind�t�sa mellett d�nt�ttek. A hollandok megad�sra felsz�l�t� k�r�sei ellen�re mintegy 4000 harcos menetelt a hal�lba a betolakod�k elleni harcban. Ezut�n a holland korm�nyz�k kev�ss� sz�ltak bele a sziget �let�be, �ltal�ban hagyt�k, hogy a vall�s �s kult�ra dolg�ban a helyi ellen�rz�s �rv�nyes�lj�n.

Jap�n a m�sodik vil�gh�bor� alatt elfoglalta a szigetet. Ebben az id�ben alap�totta meg egy bali tiszt, Gusti Ngurah Rai a Bali „szabads�gharcos” csapatot. A jap�nok 1945. augusztusi kapitul�ci�j�t k�vet�en a hollandok azonnal visszat�rtek Indon�zi�ba �s �gy Balira is, hogy a h�bor� el�tti gyarmati k�zigazgat�st azonnal vissza�ll�ts�k. Ezt a bali l�zad�k a jap�n fegyvereket haszn�lva pr�b�lt�k megakad�lyozni.

1946. november 20-�n v�vt�k meg a margai csat�t, a sziget k�z�ps� r�sz�n tal�lhat� Tabanan mellett. A 29 �ves Gusti Ngurah Rai ezredes a csapatait Marga Ran�n�l vonta �ssze, ahol az er�sen felfegyverzett holland csapatokkal szemben �ngyilkos t�mad�st ind�tottak. A teljes balin�z hader�t megsemmis�tett�k, �s a balin�z katonai ellen�ll�s megt�rt. A bali rep�l�t�r neve a margai csat�t ir�ny�t� vezet� eml�k�re ma Ngurah Rai nev�t viseli.

1946-ban a hollandok kiki�ltott�k Kelet-indon�ziai K�zt�rsas�got, a Sukarno �s Hatta �ltal kiki�ltott �s vezetett Indon�z K�zt�rsas�g riv�lisak�nt. Bali ennek a Kelet-indon�ziai K�zt�rsas�gnak a r�sze lett a 13 k�zigazgat�si ter�let egyikek�nt. Hollandia csak 1949. december 29-�n ismerte el Indon�zia f�ggetlens�g�t, ekkor Bali az Indon�z Egyes�lt �llamok K�zt�rsas�ga nev� �llam r�sze lett. Bali 1956-ban hivatalosan is felmondta ezt a holland uni�t, �s jogilag is az Indon�z K�zt�rsas�g r�sze lett.

A Gunung Agung 1963-as kit�r�se ezreket puszt�tott el gazdas�gi k�oszt okozva. Sz�mos f�ld�nfut�v� v�lt bali lakos volt k�nytelen Indon�zia m�s r�sz�re k�lt�zni.

Az 1965-�s sikertelen jakartai puccs ut�n Balin, ak�rcsak Indon�zia m�s r�szein a jobboldali Suharto t�bornok �ltal t�mogatott seregek sz�mtalan gyilkoss�got k�vettek el az Indon�z Kommunista P�rt (PKI) val�s �s v�lt tagjai �s szimpatiz�nsai ellen. A pontos sz�mok mai napig nem �llnak rendelkez�sre, de t�bb mint 100 000 ember esett �ldozatul ezeknek a gyilkoss�goknak. Sz�mos ismert, de jel�letlen t�megs�r tal�lhat� a szigeten.

2002. okt�ber 12-�n egy aut�ba rejtett pokolg�p robban�sa 202 embert �lt meg �s tov�bbi 209 embert sebes�tett meg a Kuta nev� n�pszer� �d�l�helyen. Az �ldozatok nagyobb r�sze k�lf�ldi turista volt. 3 �vvel k�s�bb �jabb bombat�mad�s t�rt�n Kut�ban �s a k�zeli Jimbaran-�b�lben.